En 2001 con el objetivo de defender a presos indígenas privados de su libertad por exigir sus derechos en la región Mixteca y Costa, en la colaboración con la Fundación MacArthur, CEDHAPI llevó a cabo un diagnostico acerca de las condiciones de diez cárceles de la región Mixteca y asumió la defensa de seis ciudadanos Chatinos hasta lograr su libertad.
En 2004, en colaboración con la ONU, se llevó acabo un diplomado en derechos humanos enfocado en derecho indígena, en el cual se formó a 20 abogados indígenas. En la clausura se realizó el simposium “Pueblos Indígenas y Derechos Humanos” donde representantes de las Naciones Unidas y respetables personalidades analizaron los derechos de los pueblos indígenas.
En 2005 en colaboración con la Fundación para el Debido Proceso Legal (DPLF) y National Endowment for Democracy (NED). A través de seminarios se capacitó a 25 abogados indígenas en el Sistema de Administración y Procuración de Justicia, Litigio en Defensa, Derecho Indígena y Oficial y en el Sistema Interamericano de Derechos Humanos.
En 2007 en colaboración con National Endowment for Democracy (NED) se impulsó una Red de Defensores en la región Chatina del estado de Oaxaca. Donde se capacitaron a 20 Chatinos de diferentes comunidades de la región.
Del 2 al 3 de Octubre del 2010 en colaboración con la Consultoría de los Pueblos Indígenas en el Norte de México, A.C. (CPINM ) se llevó a cabo el “Campamento Jurídico Sistema Universal e Interamericano para la defensa de los pueblos Indígenas en estado de Emergencia” en la comunidad de Zimatlán de Lázaro Cárdenas, Putla de Villa de Guerrero, Oaxaca.Las ponencias que se presentaron fueron “Situación de los pueblos indígenas en America. Casos relevantes ante el sistema interamericano”, “Presentación de una audiencia temática relacionada con la problemática indígena en las Américas.Caso Paraguay ” y “Derechos Humanos y Sistema Universal. Aplicación en la defensa de los derechos de los pueblos indígenas”
En enero de 2011 en colaboración con el Centro de Derechos Humanos para las Américas del Instituto Internacional de Derechos Humanos de DePaul University llevamos a cabo la I. Clínica legal sobre Litigio Interamericano para casos laborales y sociales, en la cual se capacitó a abogados y defensores de derechos humanos para que por sí mismos dirijan el litigio desde su tramitación, en el proceso de agotamiento de los recursos internos, hasta las fases internacionales ante la Comisión y la Corte Interamericanas de Derechos Humanos. Los participantes fundamentaron una Audiencia y la Simularon durante la Clínica.
En Abril del 2011 en colaboración con el Centro de Derechos Humanos para las Américas International Human Rights Law Institute DePaul University y la Consultoría de los Pueblos Indígenas en el Norte de México, A.C. (CPINM ) realizamos la II. Clínica legal sobre Litigio Interamericano para Casos Laborales y Sociales en la ciudad de Tijuana, Baja California.
En 2012, convocamos al encuentro de “Defensores no visibles” en el que se compartieron experiencias de defensa y estrategias pacificas para la resolución de las problemáticas que enfrentan los defensores Mixtecos, Chatinos y Triquis convocados, quienes asumen la defensa a los derechos humanos de sus comunidades y que han sido criminalizados, encarcelados, amenazados y perseguidos. Defensores comprometidos y activos que luchan por el respeto a la Tierra y la Autodeterminación de los pueblos.